Odeljenje za hidrogeologiju obavlja širok spektar stručnih i istraživačkih aktivnosti usmerenih na definisanje perspektivnih područja za zahvatanje podzemnih voda, kao i njihovo racionalno korišćenje i zaštitu. U okviru odeljenja izrađuju Osnovne hidrogeološke karte (OHGK) u razmeri 1:100.000 za Republiku Srbiju, kao i specijalizovane hidrogeološke karte, za potrebe izrade prostornih planova i druge namene. Formirani katastri podzemnih voda i geotermalnih resursa ažuriraju se i nadograđuju novim podacima.
Poseban akcenat stavljen je na istraživanje termalnih i mineralnih voda, valorizaciju geotermalnih resursa, sagledavanje geotermalnog potencijala i mogućnosti korišćenja u svrhe balneologije, dobijanja energije, zagrevanja prostora i drugih oblika direktnog korišćenja. Posebna pažnja posvećuje se oceni kvaliteta vode za različite svrhe –vodosnabdevanje, navodnjavanje, balneološke i druge namene.
Na godišnjem nivou se izrađuje bilans resursa i rezervi podzemnih voda i bilans geotermalnih resursa Republike Srbije, uzima se učešće u radu Komisija za overu rezervi podzemnih voda pri Ministarstvu rudarstva i energetike i Pokrajinskom sekreterijata za energetiku, građevinarstvo i saobraćaj, APV.
U odeljenju za hidrogeologiju, poslovi projektovanja i realizacije hidrogeoloških istraživanja, sprovode se u okviru dve grupe:
–Grupe za izradu hidrogeološke karte i
–Grupe za hidrogeološki i hidrogeotermalni potencijal




