Одељење за хидрогеологију обавља широк спектар стручних и истраживачких активности усмерених на дефинисање перспективних подручја за захватање подземних вода, као и њихово рационално коришћење и заштиту. У оквиру одељења израђују Основне хидрогеолошке карте (ОХГК) у размери 1:100.000 за Републику Србију, као и специјализоване хидрогеолошке карте, за потребе израде просторних планова и друге намене. Формирани катастри подземних вода и геотермалних ресурса ажурирају се и надограђују новим подацима.
Посебан акценат стављен је на истраживање термалних и минералних вода, валоризацију геотермалних ресурса, сагледавање геотермалног потенцијала и могућности коришћења у сврхе балнеологије, добијања енергије, загревања простора и других облика директног коришћења. Посебна пажња посвећује се оцени квалитета воде за различите сврхе –водоснабдевање, наводњавање, балнеолошке и друге намене.
На годишњем нивоу се израђује биланс ресурса и резерви подземних вода и биланс геотермалних ресурса Републике Србије, узима се учешће у раду Комисија за оверу резерви подземних вода при Министарству рударства и енергетике и Покрајинском секретеријата за енергетику, грађевинарство и саобраћај, АПВ.
У одељењу за хидрогеологију, послови пројектовања и реализације хидрогеолошких истраживања, спроводе се у оквиру две групе:
–Групе за израду хидрогеолошке карте и
–Групе за хидрогеолошки и хидрогеотермални потенцијал




